Teils teils. Die bekennende Kirche zum Beispiel hat sich gegen Hitler gestellt, mitsamt den Konsequenzen, Diffamierung, Verhaftung, Folter, KZ. Auf der anderen Seite hat ein großer Teil der Kirche (und lange Zeit auch offiziell der Vatikan) sein Vorgehen befürwortet oder zumindest geduldet.
Nach anfänglichen Erfolgen wurde die Bekennende Kirche etwa ab 1937 zunehmend verfolgt, hielt aber an ihrer eigenen Organisation fest. Wie der Historiker Hans-Rainer Sandvoß feststellte, war die Bekennende Kirche keine Widerstandsbewegung. Sie setzte sich aber gegen die ‚Gleichschaltung‘ durch die DC und die staatliche Kirchenpolitik ein. Ferner stellte sie sich gegen das innerkirchliche Führerprinzip und gegen die Ausgrenzung von Christen jüdischer Herkunft. Durch die Öffentlichmachung staatlicher Gewaltmaßnahmen gegenüber evangelischen Gemeindegliedern und Pfarrern stellte sie für den NS-Machtapparat und seine ideologischen Wächter eine Opposition bzw. eine Herausforderung dar.[11] Vom Alliierten Kontrollrat wurde die Bekennende Kirche jedoch als „aktive antifaschistische Widerstandsbewegung“ anerkannt.
quite detailed (in german) analysis here.